Sitkūnų mokykla išaugo iš Muniškių pradinės mokyklos.
Muniškių pradinė mokykla pirmą kartą paminėta 1918 metais. Mokykla buvo špitolėje (prie Muniškių bažnyčios).
Muniškių pradinės mokyklos mokyklos dviejuose komplektuose tarpukario metais mokėsi apie 40 mokinių.
Vėliau buvo atidaryta pradinė mokykla ir Juodonių kaime. Vokiečių okupacijos metais ši mokykla buvo perkelta į Sitkūnų Radijo stoties pastatą.
1940 metais Muniškių pradinės mokyklos antras komplektas buvo perkeltas į Sitkūnus.
Nuo 1948 metų mokykloje veikia biblioteka.
Nuo 1949 metų iki 1959 metų Muniškių pradinė mokykla palaipsniui peraugo į septynmetę.
1959 metais Muniškių septynmetė mokykla persikėlė į Sitkūnus ir buvo sujungta su Sitkūnų pradine mokykla.
Iki 1961 metų mokykla išliko septynmete.
*Nuo 1962 metų iki 1986 metų mokykla - aštuonmetė.
Nuo 1986 metų mokykla - devynmetė : nuo 1999 metų pagrindinė su 10 klasių, 2001 metais - pagrindinė su 8 klasėm, 2002 metais pagrindinė su 9 klasėm.
Pirmoji laida baigė septynmetę mokyklą 1952 metais.
Mokyklą baigė 46 laidos.
1949 - 1957 metais septynmetei mokyklai vadovavo direktorė - Salomėja Maciulevičienė.
1957-2001 metais mokyklai vadovavo direktorius Bronius Strazdas.

Nuo 2001 metų mokyklai vadovauja direktorė Sondra Matažinskienė, direktorės pavaduotoja ugdymui Loreta Gudeliūnienė.

1991 metų Sausio 13 - osios įvykių dienomis Sitkūnų mokykloje buvo įsteigtas Lietuvos radijo ir televizijos perdavimo centro gynybos štabas.
1994 metais mokykloje susikūrė Kudirkaičių organizacija.
1998 - 2001 metais mokykla dalyvavo tarptautiniame Baltijos Jūros Projekte. Projekto veiklos kryptis - ekologinis ugdymas. Už aplinkosauginį projektą "Kaip žmogus Muniškių kaime ūkininkavimo raidoje keičia aplinką per 50 metų" mokykla 1998 metais respublikoje užėmė II vietą. Mokytoja ir dvi mokinės buvo pakviestos į Daniją į tarptautinį Baltijos Jūros Projekto dalyvių sąskrydį.

2001 metais, minint  Sausio 13 - osios dešimtąsias metines, prie mokyklos buvo atidengta memorialinė lenta, liudijanti, kad čia buvo Lietuvos radijo ir televizijos perdavimo centro gynybos štabas. 

Nuo 2001 mokslo metų įvestas ankstyvasis anglų kalbos mokymas nuo II klasės.
Nuo 2001 mokslo melų mokykloje atidaryta priešmokyklinio ugdymo grupė.

2002 metais įvykdyta Sitkūnų pagrindinės mokyklos ir viešosios bibliotekos Sitkūnų filialo tinklo optimizacija - apjungti bibliotekų fondai, įrengta kompiuterių klasė - skaitykla.

Daug buvusių Sitkūnų mokyklos mokinių pasirinko mokytojo profesiją. Vien Sitkūnų mokykloje dirba  Aleksandra Ignatavičienė, Janina Gaidelienė, Rita Bacevičienė, Sondra Matažinskienė.
Ne vienas buvęs šios mokyklos mokinys dabar užima aukštas ir svarbias pareigas: Arvydas Kudrevičius yra Slovėnijos bankų programų direktorius, Arvydas Burneckis - Santariškių onkologinių klinikų aukščiausios klasės radiologas, Antanas Kontautas - Klaipėdos universiteto profesorius, ichtiologas, Vidas Grigoraitis- Respublikinio archyvų departamento direktorius.

Nuo 2002 metų biblioteka tapo mokyklos ir kaimo bendruomenės informaciniu centru. Jau nuo 2 klases moksleiviai pradedami mokyti kompiuterinio raštingumo, įrengta kompiuterių klasė-skaitykla su 10 kompiuterių mokymuisi, darbui, laisvalaikiui. Bibliotekoje nuolat veikia teminės, rašytojų jubiliejams skirtos parodos, organizuojami naujų knygų pristatymai, kūrybiniai užsiėmimai vaikams, piešimo, eilėraščių, pasakų popietės.

Mokykla dažnai būna rajono sportinių varžybų tarp pagrindinių mokyklų nugalėtoja.
2002/2003 m.m. mokykloje mokėsi 108 mokiniai. Priešmokyklinėje ugdymo grupėje ugdoma 12 vaikų. Pradinėse klasėse mokosi 42 mokiniai, V-IX klasėse mokėsi 54 mokiniai.
Vyresnėse klasėse įgyvendinami profiliavimo pradmenys ( kalbų, matematinis, informacinis-kompiuterinis raštingumas).
Mokyklos moksleiviai dalyvauja rajono, respublikiniuose konkursuose, dailės parodose, meniniuose renginiuose, laimi prizines vietas.

Mokykloje mokomos 2 užsienio kalbos: anglų kalba ir rusų kalba.
Veikia 18 įvairių būrelių ir Kudirkaičių organizacija.
Mokykloje  dirba 21 mokytojas, iš jų - 9 vyresnieji mokytojai. Su aukštuoju išsilavinimu - 17 mokytojų, su aukštesniuoju - 4 mokytojai. Kompiuterinį raštingumą įvaldę 14 mokytojų.