1830 m. sukilimo metu rusų kariai persekiodami sukilelių kariuomenę praėjo netoli Babtų apylinkių: iš Kauno per Labūnavą į Šaravus. Nors šis sukilimas ir aplenkė Babtų apylinkes, bet tais pačiais Babtuose įvyko kita didelė nelaimė - kilo ypač didelis gaisras. Sudegė daug namų ir bažnyčia. Tais pačiais metais, toje pačioje vietoje ir ant tų pačių pamatų pastatyta laikina apvalių rąstu maža bažnytėlė.
Tais pačiais metais rekonstruoti Babtyno dvaro rūmai, kurie buvo pastatyti XVIII a. ir priklausė kunigaikščiams Giedraičiams, po to didikams Šiukštoms, Prozorams. 1830 – 1920 m. grafams Tiškevičiams, 1920 m. – atiteko savanoriui generolui Vladui Nagevičiui. 1830 - 1831 metais

Lietuvoje vyko sukilimas, kuriam vadovavo vyriausiasis sukilimo vadas A. Gelgaudas. Pagrindinis sukilimo tikslas buvo atkurti Lenkijos ir Lietuvos valstybę (federaciją).
Bet rusijos imperatorius Nikolajus Romanovas – toliau tęsęs savo pirmtakų genocidinę politiką Lietuvos atžvilgiu, žiauriai numalšino šį sukilimą.

 

1848 metais Muniškių dvaro savininkų lėšomis pastatyta Muniškių bažnyčia - Jėzaus Nukryžiuotojo filijinė. 1879 metais Zabielaitės-Zaleskienės rūpesčiu ji suremontuota. 1912 metais klebono Jono Eidimto ir parapijiečių pastangomis padidinta. 1962 metais buvo uždaryta, paversta grūdų sandėliu. 1992 metais ji pradėta remontuoti. 1996 ilgai tylėjęs varpas vėl pakvietė žmones į maldos namus. Bažnyčios remontu rūpinosi buvęs Babtų parapijos klebonas kun. Eimutis Marcinkevičius, vėliau klebonas kun. Jonas Stankevičius.

Babtų klebonas Mikalojus Petroševičius ėmėsi atstatyti 1830 m. sudegusią bažnyčią. Jis paaukojo savo pinigus ir surinkęs iš parapijiečių 1851 metais pradėjo statybą. Vyskupas Motiejus Valančius statybai davė 550 rb. Tais pačiais metais Babtuose vėl kilo didelis gaisras.
1853 metais bažnyčia jau buvo pastatyta, tiktai neįrengta,o 1860 m. pašventinta. Ši bažnyčia stovi ir dabar.

1854 metais Nemunu plaukė pirmasis garlaivis“Neris“. Vėliau bandomąjį reisą jis atliko Nevėžiu iki Stabaunyčios, kurioje jau buvo pastatyta prieplauka. 1860 m. pradėjo veikti keltas per Nevėžį. Apie 1860 metus jau buvo nuolatiniai keltai ties Raudondvariu ir Babtais. Jie priklausė grafams Tiškevičiams.1889 m. vienas laivas kasdien plaukiojo tarp Kauno ir Babtų. Per tuos metus pervežė 3420 keleivių, 898 pūdus krovinių. Be to, Nevėžiu maždaug iki 1936 metų buvo plukdomi sieliai. Istorinėje literatūroje daug kur minima Stabaunyčios.prieplauka. Senovėje čia yra buvęs ir uostas. Babtuose buvo prieplauka keleiviams išlaipinti.

1863 metų sukilimas skaudžiai atsiliepė Babtų apylinkėse. Kunigas Mackevičius buvo pirmasis, kuris pradėjo ginkluotą kovą Kauno gubernijoje. Sukilėliai buvo įsiveržę ir į Babtų miestelį, sunaikino valsčiaus raštvedybą, caro Aleksandro II ir grafo Kiseliovo portretus, paėmė kasos pinigus. Šaravų miške, Kėdainių rajone yra išlikęs istorinis ąžuolas, prie kurio sukilėliams būdavo aukojamos šventos mišios. Čia atvykdavo Čekiškės bažnyčios kunigas Aleksandras Vytartas, kur vėliau buvo nužudytas caro kareivių. Ten pat buvo sužeistas ir Juozas Urniežius iš Karalgirio kaimo. 1863 m. lapkričio 26 d. Karalgirio miške pulkininko Gorielovo kariuomenės buvo netikėtai užpultas A.Mackevičiaus būrys. Iš 200 sukilėlių žuvo 40, tarp jų ir Eduardas Šulcas. 12 pateko į nelaisvę. Gyventojai žuvusius sukilėlius naktį slapta palaidojo. Leščinskų šeimos iniciatyva, tą pačią naktį pastatyti keli kryžiai ir aptverta tvorele. 1969 m. Kraštotyros draugijos rūpesčiu pastatytas paminklinis akmuo. 1863 m. gruodžio 28 d., Muravjovo koriko įsakymu, kunigas Mackevičius buvo pakartas Kaune. Prieš tai kovo 21 d. buvo sušaudytas Kletas Koreva, slapyvardžiu Skirmuntas, vienas iš sukilimo vadų, gimęs ir augęs Panevėžiuko dvare. 1864 m. sausio 2d. prie Ibėnų kaimo caro kariuomenės buvo išblaškytas Igno Leskausko būrys. Ibėnų kaimas buvo sudegintas, o visi gyventojai išvežti į Sibirą po to, kai kaime buvo nužudytas caro kareivis. Kitam sukilėlių būriui, kuris išsilaikė miškuose iki 1864 m. gegužės mėn., vadovavo bajoras Robertas Krasauskas (Matusevičius), kilęs iš Babtų. Tai buvo paskutinės sukilėlių kovos Babtų apylinkėse. Sukilimą rėmęs Babtų klebonas Petroševičius 1864 m. mirė Kauno kalėjime, Panevėžiuko klebonas Antanas Norvaiša buvo suimtas, bet sugebėjo pabėgti iš Kauno kalėjimo ir pasitraukė į užsienį. Buvo pakarti Anupras Koreva, Domazijus Šablevičius, Kletautas Jutkevičius, Sigizmundas Pranevičius, Vincentas Mizerevičius. Iš Babtų miestelio ištremtos į Sibirą Chmieliauskų ir Klimavičių šeimos.

Po numalšinto 1831 metų sukilimo išsilaisvinimo iš Rusijos jungo dvasia neišblėso. Nors Rusijos valdžia, malšindama šį sukilimą, buvo žadėjusi valstiečiams socialinių reformų, netgi baudžiavos panaikinimą, tačiau viskas liko, kaip buvus. 1863 m. per Lietuvą nuvilnijo naujas sukilimas. Daug mūsų tautiečių žuvo tame sukilime dėl Tėvynės laisvės. Taip pat ne vienas žuvo nuo žiaurios Muravjovo koriko rankos arba buvo ištremtas į Sibiro tyrus. 1864 m. po sukilimo numalšinimo Muravjovas išleido įsakymą, kuris galiojo iki 1904 m, uždraudžianti lotynišką raidyną, lietuviškų knygų spausdinimą ir lietuviškas parapijines mokyklas. Buvo įsakyta naudoti kirilicą ir pradėtos steigti rusiškos mokyklos.

1864 m. po sukilimo numalšinimo Muravjovas išleido įsakymą, uždraudžianti lotynišką raidyną, lietuviškų knygų spausdinimą ir lietuviškas parapijines mokyklas. Buvo uždaryta ir Babtų mokykla. Po metų įkurta valstybinė rusiška mokykla. Viskas buvo dėstoma rusų kalba. Net maldaknygės buvo spausdinamos kirilica, nors jų beveik niekas neskaitė.

Tais pačiais metais savo pogrindinę veiklą pradėjo knygnešiai ir slaptos daraktorinės mokyklos.

Kadangi mokyklos buvo draudžiamos, jos keldavosi iš vietos į vietą. Vilkėnų kaime gyvenęs daraktorius Antanas Ramuckas lietuviškai mokė vaikus Antagynėje, Sičionyse, Panevėžiuko dvare.
Vincentavos kaime Jono Kereševičiaus namuose vaikus mokė daraktorius Juozas Ramanauskas.
Šioms mokykloms reikėjo lietuviškų knygų. Jos buvo spausdinamos Tilžėje, Bitėnuose, Ragainėje. Iš ten slapta gabenamos ir platinamos Lietuvoje. Tai darę žmonės buvo vadinami knygnešiais. Jie slėpdavo atvežtas knygas ir platindavo jas, nors už tai galėjo būti net ištremti. Viena iš tokių vietų buvo Dasiūnų kaime prie dvilypio ąžuolo, kuris ir dabar žaliuoja, sulaukęs 300 metų. Babtų apylinkėse knygnešiais buvo Jurgis Keruckas iš Vosiškių kaimo, Kazimieras Liukomas, Kazimieras Jonaitis, Kazimieras Urniežius iš Naujatrobio kaimo, Martynas Ramanauskas iš Kaniūkų. Jie padėjo išlikti mūsų kalbai, kuri buvo draudžiama 40 metų.

Ir vėl didelis gaisras buvo kilęs 1875 m.
1880 metais Babtuose gyveno apie 1000 žmonių, 1897 m. – 657.

Stabaunyčioje yra išlikęs XIX amžiaus pastatas, kuris buvo vadinamas "špikeriu", "magazinu".Tai buvęs sandėlis, kuriame būdavo laikomi aplinkinių žemdirbių javai badmečiui. Stabaunyčios sandėlyje kurį laiką buvo ir smuklė. Ji priklausė grafams Tiškevičiams, o nuomodavo ją žydai. Pravažiuojantys iš Josvainių, Ariogalos ir iš kitur, prekybininkai arklidėje pastatydavo arklius. Čia jie nakvodavo, o smuklėje pavalgydavo ir išgerdavo. XX amžiaus pradžioje šį pastatą nupirko du karininkai,gyvenę Kaune. Vėliau iš jų nusipirko Jonas Dranseika, o apie 1920 metus jame įrengė malūną ir lentpjūvę. 1943 metais jame buvo kilęs gaisras. Pokario metais dvi Jono Dranseikos sūnų šeimos (Vytauto žmona su vaikais ir Ksaveras) buvo ištremtos į Sibirą, o kiti spėjo pasitraukti. Malūną ir lentpjūvę nacionalizavo. Tarybiniais laikais buvo Vytėnų eksperimentinio ūkio stalių dirbtuvės ir lentpjūvė. Joje buvo galingas gateris, kuris galėjo pjauti iki 1 metro skersmens rastus. Atkūrus nepriklausomybę – UAB „Stabaunyčius“ Nuo 2001 metų tautodailininko Ryčio Berūkščio kūrybinės dirbtuvės.

XIX amžiuje Babtuose (Kauno gatvėje) sumūrytas toks pat kaip Stabaunyčioje pastatas ("magazinas", "špikeris"), t.y. sandėlis javams supilti. Baudžiavos laikais ir vėliau jis priklausė Babtų valsčiui. Čia būdavo laikomos grūdų atsargos badmečiui, ištikus nederliui ar stichinėms nelaimėms. Tačiau grūdai pelydavo, tekdavo juos perpilti. Todėl nuo 1909 metų pradėta vietoj javų fondo sudaryti pinigų fondą. Per pirmąjį pasaulinį karą šiame pastate vokiečiai laikė pašarą arkliams.

Maždaug nuo 1932 metų šiame pastate įrengtas pieno priėmimo punktas, iš kurio jis buvo vežamas į Kauną.Tik gerokai vėliau (pokario metais) jrengta pieninė. 1969 metais technologiniai procesai Babtų sviesto ceche buvo jau mechanizuoti, o pagamintas labai geras sviestas eksportuojamas į Jugoslaviją, Meksiką, Prancūziją. Čia dirbo apytikriai 16 žmonių. Deja pieninė palaipsniui nyko, nutrūko gamyba, pastatas privatizuotas, šiuo metu nenaudojamas.

1896 m. Panevėžiukyje įkurta plytinė, vėliau tapusi Sargėnų keramikos gamyklos Panevėžiuko cechu, sėkmingai dirbo iki 1980 metų. Pasibaigus vietinio molio atsargoms, jį teko vežti iš kitur. Apie 1990 m. plytinė nustojo veikusi dėl labai išaugusių energijos kainų ir sumažėjus statybų apimčiai Lietuvoje.
Nuo 1903 metų tarp Kauno ir Babtų kasdien, kol neužšaldavo Nevėžis, plaukiojo nedidelis keleivinis garlaivis. Kelionė trukdavo apie 3 valandas. Į Stabaunyčią ir Babtus laivai plaukiojo maždaug iki 1954 metų.

1905 metais vėl kilo didelis gaisras. Pastarojo metu sudegė 24 vargšų trobelės, 30 žydų namų, 15 ūkininkų namų ir apie 40 trobesių. 1905 metais prasidejo revoliucija Rusijoje. Vilniaus seimas pareikalavo oficialios Lietuvos autonomijos su seimu, kuris butu išrinktas visuotinių rinkimų metu Vilniuje. Seimas taip pat ragino žmones nemokėti Rusijos valdžiai mokesčių, neleisti vaikų į rusiškas mokyklas, nesikreipti į jokias Rusijos įstaigas.

1908 metais prie Nevėžio buvo 14 vandens malūnų. Arčiausiai Babtų veikė Vilkėnų, Panevėžiuko ir Bajėnų vandens malūnai. Ketvirtajame šio amžiaus dešimtmetyje jie buvo išardyti, nes pradėta projektuoti vandens kelią iki Kėdainių. Ūkininkai turėdavo girnas ir susimaldavo javų duonai, kiaulėms. Tačiau veždavo javus ir į malūnus. Populiariausais buvo Stabaunyčios malūnas.

Kai kurie gyventojai, tarp jų Stasys Kandzežauskas ir Kazimieras Knofas buvo mobilizuoti į carinės Rusijos kariuomenę ir išsiųsti į frontą.

1914 m. Prasidėjo Pirmasis pasaulinis karas.
1915 m. Vokietija okupavo Lietuvą.

Kaip ir visiems Lietuvos žmonėms, Babtų gyventojams, dar neatsigavusiems nuo Caro valdžios priespaudos, teko patirti kaizerinės Vokietijos okupaciją. Tuo metu Babtuose jau gyveno 1200 gyventojų. Sutriko ekonominis gyvenimas, nes svarbiausius maisto produktus tekdavo pusvelčiui atiduoti vokiečiams. Naktimis buvo draudžiama vaikščioti ar važiuoti be leidimo. Nepaklusus bausmė 6 mėnesiai kalėjimo arba 1000 markių bauda. Neturint su savim paso – katorga iki 10 metų. Mėsą laikyti buvo draudžiama. Jeigu pas ką rasdavo – atimdavo. Ūkininkų gerus arklius vokiečiai pakeisdavo ligotais ir nusenusiais. Karalgirio miške slapstėsi pabėgę rusų belaisviai. Už belaisvių slėpimą ir paramą jiems budavo griežtai baudžiama.

1914 m. vėl pradėjo veikti Babtų pašto skyrius. Žmonių atmintyje išlikęs Babtų pašto viršininkas Mockevičius.

Iš Babtų apylinkių nepriklausomybės kovose dalyvavo Kazimieras Liukomas (buvęs knygnešys), Kazimieras Liutkus, Justinas Janušauskas, Pranas Rutkauskas, Jurgis Tamulaitis (keletą metų dirbęs Babtų valsčiaus savivaldybės sekretoriumi, buvo Babtų šaulių vadas), Vincas Stašelis (apie 1920 m. dirbo pradinėje mokykloje mokytoju, vėliau išvyko į karo mokyklą ir iš ten apie 1923 m. išvyko vaduoti Klaipėdos. Savanorių vadas Vincas Stašelis žuvo didvyrio mirtimi gindamas uostamiesčio pylimą), Kazimieras Bulota, Antanas Čepas, Mykolas Grigaliūnas, Jonas Jankauskas, Benediktas Kriaučiūnas, Jonas Skubelskis, Petras Užakauskas, Jonas Jančauskas. 1923 m. kovose dėl Klaipėdos išvadavimo dalyvavo ir Jonas Kalpokas, gimęs 1899 m. (mirė 2004 m. gegužės mėn., sulaukęs 104 metų), turėjęs žymių apdovanojimų.

1918 vasario 16 d.Lietuvos taryba Vilniuje vienbalsiai priėmė nutarimą dėl Nepriklausomos Lietuvos valstybės atkūrimo. 1918 m. kovo 23 d. Vokietijos kaizeris Vilhelmas II pripažino Lietuvos valstybę. Lapkričio mėn. Lietuva pradėjo formuoti savo kariuomenę, kad apgintų šalį nuo bolševikų invazijos.
Tų pačių metų rudenį paskelbtas piliečių šaukimas į savanorių pulkus. Vokietijos kariuomenė paliko Lietuvą, o jų likučiai dar iki 1920 m. kovėsi su bolševikais. Pagaliau 1920 liepos 12 d. Rusija pripažino Lietuvos nepriklausomybę.

1918 metais Babtų klebonas Gudelis įsteigė lietuvišką mokyklą Vareikonių kaime.

Pirmuoju Babtų valsčiaus viršaičiu išrinktas Kazys Brazaitis.

1919 metais Kauno apskrityje buvo 14 valsčių, 1920 - Jonavos miestas ir 16 valsčių, tarp jų ir Babtų valsčius. Kiekviename valsčiuje savivaldybę sudarė seniūnai, vaisčiaus tarybos viršaitis ir kontrolės komisija. Valsčius buvo skirstomas į seniūnijas.

1919 metais Jurgis Urlikys Piepalių kaimę mėgino sukurti „Sovietinę Babtų respubliką“, kuri neduosianti vyrų į Lietuvos kariuomenę, nemokės mokesčių. Tai jis sugalvojo grįžę iš Rusijos, kur buvo patekę karo metais ir susižavėjo revoliucinėmis idėjomis. Tačiau atvykus Kauno komendantui Juozui Mikuckui su 30 kareivių šios minties atsisakė. Tais pačiais metais Kauno komendantui dar karta teko vykti į Babtus malšinti prolenkiškų babtiškių, kurie rėmė Vandžiogaloje įsikūrusią lenkų respubliką.

1920 m. savanoriui generolui Vladui Nagevičiui buvo paskirta 20 hektarų Babtyno dvaro žemės ir dvaro centras pavyzdiniam ūkiui kurti, Jis išsinuomavo dar 60 ha ir pavadino savo valdas Žemaitkiemiu. Ūkis buvo rūpestingai prižiūrimas, gerai sugyveno su kaimynais, padėdavo apylinkės ūkininkams įsigyti geresnės veislės javų ar geros veislės gyvulių. Propagavo gražias liaudies tradicijas. Per šventes suvažiuodavo daug svečių, susirinkdavo kaimo jaunimas. Per Jonines automobilių prožektorių šviesoje dvaro kieme vykdavo vaidinimai su vaidilutėmis, vaidilomis, žyniais ir raganomis. Buvo ieškoma paparčio žiedo. Nevėžyje plukdydavo vainikus su degančiomis žvakutėmis. Šventėje dalyvaudavo husarų ir karo invalidų orkestrai, skambėdavo liaudies dainos.Vladas Nagevičius gimė 1881 metais Kretingoje. Jis buvo pirmasis karo gydytojas, įsteigė ir įrengė karo ligoninę Kaune, lauko ligoninęs pafrontėse, įsteigė gailestingųjų seserų kursus, įkūrė Vytauto Didžiojo karo muziejų.

1922 metais Lietuvos Steigiamasis seimas priėmė žemės reformos įstatymą. Dvarų žemė buvo valstybės išperkama 1910-1914 metų kainomis ir skirstoma savanoriams kūrėjams, bežemiams ir mažažemiams. Už gautą žemę jie turėjo mokėti išperkamuosius mokesčius 36 metus. Savanoriams nereikėjo mokėti išperkamųjų mokesčių. Dvarams buvo paliekama 80 ha.