1848 metais Muniškių dvaro savininkų lėšomis pastatyta Muniškių bažnyčia - Jėzaus Nukryžiuotojo filijinė.

1879 metais Zabielaitės-Zaleskienės rūpesčiu ji suremontuota. 1912 metais klebono Jono Eidimto ir parapijiečių pastangomis padidinta.

1962 metais buvo uždaryta, paversta grūdų sandėliu. 1992 metais ji pradėta remontuoti. 1996 ilgai tylėjęs varpas vėl pakvietė žmones į maldos namus. Bažnyčios remontu rūpinosi buvęs Babtų parapijos klebonas kun. Eimutis Marcinkevičius, vėliau klebonas kun. Jonas Stankevičius.