Pirmoji Babtų bažnyčia buvo pastatyta dvarininko Mlečkos lėšomis 1672 m.
1715 m. Babtų bažnyčia perstatyta nuo pamatų. 1771 metais dvarininko Prozoro lėšomis atnaujinta.

Babtų klebonas Mikalojus Petroševičius ėmėsi atstatyti 1830 m. sudegusią bažnyčią. Jis paaukojo savo pinigus ir surinkęs iš parapijiečių 1851 metais pradėjo statybą. Vyskupas Motiejus Valančius statybai davė 550 rb. Tais pačiais metais Babtuose vėl kilo didelis gaisras. 1853 metais bažnyčia jau buvo pastatyta, tiktai neįrengta,o 1860 m. pašventinta. Ši bažnyčia stovi ir dabar.

Babtų bažnyčioje klebonais dirbo kunigai Kazimieras Vanginas, Mikolajus Petroševičius, Vincas Zapkus,Kazakevičius, Jonas Gudelis.

Nuo 1932 metų sausio mėn. iki 1958 metų – kunigas Juozapas Sirtautas (nuotr.), sugebėjęs bendrauti su įvairiais žmonėmis net sudėtingiausiais pokario, tremties ir rezistencijos metais.

Babtų bažnyčia 1939 metais.

Nuo 1958 m. – kunigas Juozapas Stankūnas - buvęs tremtinys, kilnios širdies žmogus.

Nuo 1967 metų klebonu dirbo labai išsilavinęs, mokėjęs keletą užsienio kalbų kun. Antanas Žilinskas (nuotr.).

Nuo 1971 iki 1982 metų kun. Mykolas Gobis.

1983 metais į Babtų parapiją klebonauti buvo paskirtas įdomus, talentingas žmogus, poetas kun.Ričardas Mikutavičius. Jis sugebėjo atgaivinti žmonių širdyse tikėjimo ir vilties jausmus. Kiekvieną sekmadienį bažnytėlėje būdavo gausu žmonių, susikaupusių bendrai maldai. Vaikai lankydavo katekizacijos pamokas, nors laikmetis tam dar nebuvo palankus. Klebonas pats labai daug dirbo, atliekant kapitalinį bažnyčios remontą. 1989 metais Ričardas Mikutavičius išvyko į Kauną.

Babtų parapijai nuo 1989 m. dvejus metus vadovavo klebonas kun. Eimutis Marcinkevičius, kuris pradėjo atstatyti nuo 1962 m uždarytą Muniškių bažnytėlę. Vienerius metus dirbo jaunas klebonas kun. Arvydas Kasčiukaitis.

Nuo 1993 iki 1998 metų - kunigas Jonas Stankevičius (nuotr.).

1998-1999 – kun. Jonas Zubrus. Nuo 1999 m. klebonu yra kunigas Žygintas Veselka (nuotr).

Trūkstant kunigų, Babtų parapijos klebonas aptarnauja ir Panevėžiuko parapijos, o nuo 1996 m. ir Muniškių tikinčiuosius.

Babtų bažnyčioje yra vertingų dailės paminklų: XIX a. paveikslai "Marija su kūdikiu“, "Trys karaliai" ir eklektikos stiliaus vargonai. Vinco Svirskio kryžių ir XVIII amžiaus angelų skulptūras bažnyčiai išrūpino kun. Ričardas Mikutavičius.

Babtų bažnyčioje švenčiami šie atlaidai:
Šv.Antano – birželio 13 d.
Šv.Petro ir Šv. Povilo apaštalų – birželio 29 d.
Švč. Mergelės Marijos užgimimo – rugsėjo 8 d.
Šv. Juozapo – kovo 19 d.

Klasikinės muzikos koncertas Babtų bažnyčioje 1999m.

Babtų bažnyčios choras

 Apie 1950 m.

1952 m.

Apie 1953 m.

1975 m.

1997 m.

2004 m.